超聲波清洗器被清洗件的聲學特性和在清洗槽中的排列對清洗效果也有較大的影響。吸聲大的清洗件，如橡膠，布料等清洗效果差，而對聲反射強的清洗件，如金屬件，玻璃制品的清洗效果好。

超聲波清洗器清洗件面積小的一面應朝聲源排放，排列要有一定的間距。清洗件不能直接放在清洗槽底部。尤其是較重的清洗件。以免影槽底板的振動，也避免清洗件擦傷底板而加速空化腐蝕。清洗件最好是懸掛在槽中，或用金屬羅筐盛好懸掛。但須注意要用金屬絲做成。并盡可能用細絲做咸空格較大的筐，以減少聲的吸收和屏蔽。

清洗液中氣體的含量對超聲波清洗器清洗效果也有影響。在清洗液中如果有殘存氣體(非空化核)會增加聲傳播損失，此外在空化泡運動過程中擴散到泡中的氣體，在空化泡崩潰時會降低沖擊波強度而削弱清洗作用。因此有些超聲清洗設備具有除氣功能，在開機時先進行低于空化閾值的功率水平作振動，以脈沖或間歇方式振動進行除氣。然后功率加到正常清洗的功率水平進行超聲清洗；有些超聲清洗設備附有抽氣裝置{所謂真空脫氣)，其目的同樣是減少清洗液中的殘存氣體。 駐波的影響。

超聲波清洗器清洗槽是有限空間，超聲波由聲源向液面傳播時。在液體和氣體的交界面會反射回來而形成駐波。駐波的特征是在液體空間的某些地方聲壓最小，而在另外一些地方聲壓最大。這樣會造成清洗不均勻的現象。

要減少超聲波清洗器駐波的影響，有時清洗槽特意做成不規則的形狀以避免駐波的形成。有時在超聲電源方面采取掃頻的工方式，使聲壓最小處不固定在一個地方而是不斷地移動。以達到較均勻的清洗。